Généralement discrète et indulgente la Cour de discipline budgétaire a pour la première fois été saisie en 1999 d'une affaire concernant des dirigeants d'entreprises publiques, l'"affaire du Crédit Lyonnais" (environ 150 milliards de francs de pertes, 22 milliards d'euros) par le biais de l'une de ses filiales présidée en 1993 par l'inspecteur des finances Jean-Yves Haberer, président du Crédit Lyonnais de juillet 1988 à novembre 1993.

Le gouverneur de la Banque de France, M. Jean-Claude Trichet, candidat à la présidence de la banque centrale européenne (BCE), a été, lui-même, mis en examen en avril 2000 pour avoir, lorsqu'il était directeur du trésor au ministère des Finances, entre 1987 et 1993, participé à "la diffusion de fausses informations au marché et la présentation et la publication de comptes sociaux inexacts".
Les saisines ne devraient pas aboutir.

Lorsque la cour se prononce sur des agissements pouvant être sanctionnés par des amendes elle doit sièger en audience publique, en application de l'article 6 § 1 de la Convention européenne des droits de l'homme (CE, 30 oct. 1998, Lorenzi).