Dans son rapport annuel, publié en janvier 2000, la Cour des comptes met notamment l'accent sur les disfonctionnements des programmes d'armement qui portent sur une dépense publique évaluée à 707 milliards de francs.
Par exemple l'Etat aurait consenti à la société Dassault "dans des conditions de régularité douteuse" 250 millions de francs pour la construction de l'avion Mirage 2000-5, ce qui représenterait, aux frais des contribuables, une subvention de plus de 6 millions de francs par avion ...
Quant au programme concernant l'hélicoptère NH90 son coût total représente un montant par appareil construit de 184 millions de francs pièce pour la version marine et 129 millions, seulement, pour la version terre ... etc ... .

Dans le même rapport 2000 la Cour dénonce les indemnités versés à certains dirigeants du secteur public, remerciés pour incapacité ou faute grave et qui partent avec un "viatique" réconfortant. Par exemple un responsable de la Française des jeux, mis en examen pour "abus de biens sociaux, faux et usage de faux et ingérence", quitte l'entreprise avec 2 millions de francs sur autorisation du ministre du budget Me Nicolas Sarkozy.